Samen verder gaan
Met ingang van 1 februari 2006 is door het bisdom en het dekenaat een personele unie benoemd. Deze nam het bestuur van de parochies van St. Jan de Doper en het Allerheiligst Sacrament over van de bestaande parochiebesturen. In de daarop volgende periode werd voortvarend gewerkt aan het samengaan van beide parochies. De werkzaamheden werden in organisatorisch opzicht verdeeld over vier werkvelden: catechese en liturgie, jeugd en jongeren, diaconie en gemeenschapsopbouw. De verschillende werkgroepen van beide parochies werden onder een van de werkvelden samen gevoegd. Al snel gingen vele werkgroepen met elkaar aan de slag om vorm te geven aan de samenwerking. In de loop van 2006 hebben veel parochianen op verzoek een  gemotiveerd voorstel ingeleverd voor de naam van de nieuw te vormen parochie. Op 14 oktober 2006 werd tijdens een speciale bijeenkomst de naam Emmaüs uitgekozen. Deze naam werd later door de bisschop van Haarlem overgenomen.
Medio 2006 werd gestart met een gebouwencommissie die moest komen met een onderbouwd advies inzake de toekomst van de kerkgebouwen. Daarbij moest niet alleen gekeken worden naar de kosten van de bestaande kerkgebouwen en een eventueel nieuw kerkgebouw, maar ook naar de te verwachten ontwikkeling van het aantal parochianen en de financiële mogelijkheden in de komende 20 jaar.

Oprichting parochie
Bij bisschoppelijk decreet werd de parochie opgericht met ingang van 1 januari 2007. Met ingang van die datum werd een parochiebestuur door de bisschop benoemd. Op 6 januari 2007 werd met een feestelijke viering een start aan de nieuwe parochie gegeven. Na de viering was er in het parochiecentrum bij de kerk aan de Schans een bijeenkomst met de voormalige leden van de parochiebesturen, de leden van de pastoraatsgroep en de parochievergadering die in het voorgaande jaar samen de kerkteams op de beide kerkplekken hadden gevormd.
In mei 2007 kwamen de rapporten van de gebouwencommissie ter beschikking. Nadat deze door velen van commentaar waren voorzien, konden zij aan een uitgebreide groep parochianen vanuit beide voormalige parochies worden gepresenteerd. Op 9 juni 2007 werd door een grote meerderheid van deze  parochianen aan het parochiebestuur het advies gegeven afstand te doen van de beide bestaande kerkgebouwen  en  een nieuwe kerk in Uithoorn te bouwen . Het parochiebestuur heeft dat advies overgenomen en dat voorgelegd aan de bisschop van Haarlem. In een schijven, dat kort daarop werd ontvangen, geeft de bisschop aan dat het parochiebestuur verder mag gaan in het zoekproces naar één nieuwe kerk voor de parochie. Door het parochiebestuur wordt direct daarna het overleg met het gemeentebestuur van Uithoorn opgestart.

Sluiting kerkgebouw St. Jan de Doper
Dat overleg wordt doorkruist door de plotselinge en voor het bestuur onverwachte en niet gewenste sluiting van het kerkgebouw aan de Schans, omdat de verzekeringsmaatschappij na inspectie de verzekeringen liet vervallen. Die mededeling was daarom zo onplezierig omdat dit bericht enkele dagen vóór Kerstmis 2007 werd meegedeeld en daardoor voor de gemeenschap een bijzonder zware klap was. In het daaropvolgende jaar had deze sluiting vergaande negatieve effecten op de opgestarte samenwerking en leidde ook tot acties van verschillende groepen. Het gevolg was ook dat alle activiteiten in de kerk aan de Schans gestopt moesten worden. Uiteindelijk leiden allerlei aanvullende onderzoeken tot het besluit van het bisdom de kerk van H. Sacrament als voorlopige parochiekerk van de parochie aan te wijzen in afwachting van de regionale ontwikkelingen. De verzekeringsmaatschappij wil de WA-verzekering voor naar buiten optredende schade alleen voortzetten als de kerk onder netten wordt gebracht. Na veel overleg wordt uiteindelijk met de gemeente daarover overeenstemming bereikt. Na het inpakken wordt alleen de WA-verzekeringen voor naar buiten optredende schade voor een periode van een halfjaar hersteld. Nadien moet elk halfjaar gemotiveerd verzocht worden om de verzekering, hoe beperkt deze ook is, te verlengen, hetwelk met steeds meer moeite gerealiseerd wordt.
In het najaar van 2008 wordt een begin gemaakt met het overleg tussen de gemeente Uithoorn en het bisdom Haarlem-Amsterdam over het opstellen van een herontwikkelingsplan voor het perceel waarop de kerkelijke gebouwen aan de Schans staan.
Voor de zomer van 2011 komt er enige tekening in het overleg met de gemeente over de herbestemming van de gebouwen aan de Schans. Besloten wordt tot het gezamenlijk verrichten van onderzoek. Eerst is dat naar de fundering van het kerkgebouw en daarna naar de geologische omstandigheden in de omgeving van de kerk. Het eerste onderzoek levert op dat de palen onder de kerkzaal bacteriologisch zijn aangetast. De prognose is dat enkele van de palen nog een levensduur hebben van 7 jaar. Verder mag er in de omgeving van het kerkgebouw niet gebouwd worden omdat de fundering van de kerk dat niet kan hebben. Gemeente en parochie/bisdom stellen vervolgens vast dat op basis van de beschikbare gegevens begin 2012 het herstellen van de buitenschil van de kerk een bedrag van € 4,5 miljoen vergt. Berekeningen voor het onderhoud van de binnenzijde van de kerk worden niet gemaakt, omdat voor parochie en bisdom duidelijk is dat alleen al de kosten voor de buitenschil zal leiden tot prijzen per vierkante meter die uitgaan boven wat aan de zuid-as van Amsterdam aan de orde is. De parochie kan een dergelijk herstel niet betalen en het behoort ook niet tot haar primaire doelstelling om een kerkgebouw te exploiteren.
Zonder dat ooit tussen gemeente en parochie/bisdom gesproken is over het onderhoud van de kerk en de gemeente bijvoorbeeld ook nooit een aanschrijving heeft gestuurd, vaardigt de gemeente in mei 2012 een noodverordening uit waar ze blijkens de inmiddels ontvangen stukken eerst weken op heeft zitten broeden. Het kwam bij de gemeente niet op dat overleg met de parochie/bisdom in dat stadium noodzakelijk was. Opeens heeft de gemeente het dorpscentrum afgezet en stelt dat de torens kunnen omvallen. Onduidelijk is waar zij die wetenschap vandaan heeft. Volgens de adviseurs van de parochie was een dergelijk risico niet aanwezig.
Opvallend is dat de gemeente nu opeens actie onderneemt terwijl in 2008 er 9 maanden over gedaan moest worden om de kerk onder netten te krijgen teneinde te voorkomen dat bij storm het hele winkelcentrum en een ruimer gebied daar omheen gevaar liep van leien van het dak van de kerk en de torens. Een risico waar het parochiebestuur slapeloze nachten van heeft gehad.
Eind mei 2012 gaf de gemeente aan dat zij geen gebruik maken van de mogelijkheid om de torens om niet over te nemen. Dat en hetgeen begin mei gebeurde was voor de parochie de reden om een sloopvergunning aan te vragen. Na de acties van mei 2012 werd het voor de parochie duidelijk werd dat van de 10 kandidaten, die zich voor koop van het gebied rond van kerk hadden gemeld, er geen een meer over.
De parochie heeft inmiddels bezwaar gemaakt tegen de actie van mei 2012 en het afwijzen van de ingediende sloopvergunning. De afhandeling daarvan kan geruime tijd nemen.

De parochiegemeenschap
De parochiegemeenschap heeft de afgelopen paar jaar vorm gekregen in een veelheid van activiteiten. Dat werd mogelijk door de inzet van de pastores en het grote aantal van meer dan 300 parochianen die met elkaar zo’n 520 functies uitoefenen. Doordat er 6 koren zijn, is een wisselend aanbod in de vieringen mogelijk.
Op deze website kunt u zien dat we zo’n 60 (werk)groepen kennen, die een grote verscheidenheid aan activiteiten vorm geven.
Hoewel er door de ontwikkelingen in kerk redelijk wat uitschrijvingen hebben plaatsgevonden, nemen steeds meer parochianen deel aan de actie kerkbalans en heeft een lichte stijging van de financiële bijdragen plaatsgevonden.

In toenemende mate wordt samengewerkt met de parochies in De Kwakel en Nes aan de Amstel, alsmede met de andere parochies behorende tot de regio Aalsmeer-Uithoorn.

<