De parochie St. Jan de Doper bestaat al vanaf 1782. De Uithoornse katholieken kerkten toen in                        De Hoef en woonden daar in de kerkschuur de mis bij. Na jaren van overleg kon pastoor Matthias Herfkens een nieuw kerkje laten bouwen in de Schans dat op 21 december 1782 werd ingewijd met een plechtige H. Mis. Een bisschop was er niet om de consecratie te verrichten, dus droeg de pastoor een eerste plechtige H. Mis op ter inwijding. Het is niet duidelijk hoe dit gebouw er heeft uitgezien. Prenten of tekeningen zijn, voor zover bekend, niet bewaard gebleven. Aan de straatkant zal het een gewoon huis geleken hebben, ook al omdat de pastorie ervoor stond. De kerkgangers moesten door een poort van anderhalve meter breed naar de ingang van de kerk, aldus de herinnering van een dorpsgenoot in 1934. Bij de kerk werd nooit een kerkhof aangelegd; daarvoor was absoluut geen plaats. Hoogstwaarschijnlijk is er ook nooit iemand in de kerk begraven. Tot 1827 mocht dat wel, maar liever bracht men de doden naar Kudelstaart. Vanaf 1819 konden de doden naar De Kwakel gebracht worden, naar het zojuist ingerichte kerkhof aldaar. In 1864 werd door de parochie een stuk grond gekocht aan het Zijdveld, nu Zijdelveld geheten, en ingericht als parochiekerkhof.

Mgr. J. Zwijsen, de eerste aartsbisschop in ons land sedert het herstel van de kerkelijke hiërarchie in 1853, organiseerde in snel tempo zijn bisdom. Overal werden staties officieel omgezet in parochiekerken onder leiding van een pastoor. In maart 1855 was de statie in de Schans aan de beurt, samen met onder andere Mijdrecht. De naam van de parochie was toen H. Joannes Onthoofding, welke later is gewijzigd in St. Jan de Doper. Pastoor van de kersverse parochiekerk was Petrus de Wit. Zijn opvolger, pastoor Otten, wilde op zijn manier een nieuwe start maken: een goed georganiseerd kerkbestuur, een eigen kerkhof en een nieuwe kerk. Amper een paar maanden na zijn aankomst in 1862 besloot het kerkbestuur een stukje grond gelegen achter de bestaande kerk aan te kopen. Pastoor Otten had kennelijk zijn kerkbestuur kunnen overtuigen van de noodzaak om zo spoedig mogelijk het houten en volgens zeggen bouwvallige kerkje te vervangen.

Architect H.J. van den Brink pakte het groots aan. In Uithoorn verrees een bouwwerk dat alles wat tot dan toe was gebouwd in het dorp in de schaduw stelde. Op 14 augustus 1866 kwam het Koninklijk Besluit af dat de kerk gebouwd mocht worden naast de oude. De ongeschiktheid en bouwvalligheid van het oude kerkje waren te duidelijk gebleken. Bij de aanbesteding in oktober 1866 waren de Gebr. Van Vliet de laagste inschrijvers met ƒ 48.979,--. Tegen dit bedrag hoefde het kerkbestuur niet op te zien, want van veel kanten kreeg het financiële steun. In de jaren verlopen sedert het opperen van de nieuwbouwplannen door de pastoor, had het kerkvolk spoedig ƒ 37.000,-- bijeengebracht. In april 1867 was de fundering gereed en kon de eerste steen gelegd worden. Namens de aartsbisschop kwam deken M. van Bijlevelt naar Uithoorn en verrichtte de plechtigheid op 1 mei. Na ruim een jaar bouwen stond de kerk; driebeukig was zij geworden. In februari 1868 vond de aanbesteding van de banken plaats. De laagste inschrijver wilde deze maken voor ƒ 4,66 per stuk. Het plan te komen tot 600 zitplaatsen bleek niet haalbaar. Nadat op 17 juli de Gebr. Adama het oude orgel (van 1824) overgebracht hadden, was de kerk zo goed als gereed. De exacte datum van de consecratie door Mgr. Schaepman is niet bekend. Omdat men rond de eeuwwisseling in augustus het kerkwijdingsfeest ter herinnering aan de consecratie vierde, lijkt het aanvaardbaar de consecratie te plaatsen op 29 augustus, feestdag van de Onthoofding van de H. Johannes de Doper. De torens van de kerk werden pas later gebouwd. Pastoor Van den Bosch kon dankzij een geweldige schenking in 1884 opdracht verstrekken de torens te bouwen, gevolgd door de opdracht klokken te laten plaatsen, eveneens dankzij een gift. Daarna vonden nog een aantal aanpassingen plaats. In 1897 werd het oude orgel vervangen door een nieuwe van de Gebroeders Maarschalkerweerd. In de jaren twintig bouwde men een nieuwe pastorie ter vervanging van de oude pastorie van het einde van de 18 e eeuw.
In 1959 werd de kerk te klein voor het grote aantal kerkgangers en verstrekte het bestuur de opdracht het priesterkoor te vernieuwen. In 1961 werd daarom het oude priesterkoor met abcis en glas-in-loodramen gesloopt en vervangen door een ruim en eenvoudig koor en een zijkapel. Tegelijkertijd werden de kruiswegstaties en klokken vervangen, mede dankzij een groot aantal giften, en werd het portaal vernieuwd. Vele jaren later, in 1995, kwam er een nieuw parochiehuis (parochiecentrum) gereed ter vervanging van het een paar jaar eerder gesloopte parochiehuis dat naast de kosterswoning stond. In dit nieuwe parochiehuis werd een groot deel van de zijkapel opgenomen, daar deze vrijwel geen dienst meer deed. Zo is de huidige situatie (2007).

Ontleend aan: "200 jaar Parochie St. Jan Uithoorn, 1782-1982", drs. P.J.J.M. van Wees.

Meer informatie:
"Mensenwerk rond de kerk. Een bundel schetsen ter gelegenheid van het 125-jarig bestaan van de parochiekerk van St. Johannes Onthoofding, 1868-1993", Hein Röling.
Geschiedenis van de Parochie St. Jan de Doper
<